La administración de SIS-BP y el manejo que se hace de los datos se ajustan a los criterios de las leyes 20.584 (“Regula los derechos y deberes que tienen las personas en relación con acciones vinculadas a su atención en salud”) y 20.120 (“Sobre la investigación científica en el ser humano, su genoma, y prohíbe la clonación humana”), así como al Código de ética del Colegio de Psicólogos de Chile. Adicionalmente, el programa de investigación en que este sistema se inscribe ha sido aprobado por el Comité de Bioética de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, y el sistema de información y seguimiento, específicamente, por el Comité de Ética de Investigación de la Universidad de Tarapacá.

Por esta razón, cada participante deberá entregar explícitamente su consentimiento; en el caso de los menores de edad, el consentimiento de sus padres o tutores, y su propio asentimiento. Los centros secundarios, adicionalmente, deberán tener consentimiento explícito de la organización de padres correspondientes y la dirección del establecimiento, quienes se harán responsables de los procedimientos que se utilicen en la obtención de los consentimientos y asentimientos individuales.

Por otra parte, SIS-BP asegura el manejo de los datos en forma estrictamente confidencial y exclusivamente para los fines y en los términos en que ha autorizado en los consentimientos y asentimientos respectivos.